Es hat eine sehr breite, protektive Wirkung und wird auch im Bereich des Pflanzenschutzes eingesetzt, z. B. bei Erdnüssen, Sojabohnen, Tabak, Gemüse und Getreide. In Deutschland ist der Einsatz sowohl im Getreide als auch in Kartoffeln möglich.

Als Vorsichtsmaßnahmen werden in Deutschland die üblichen Maßnahmen für den Umgang mit Pflanzenschutzmitteln genannt, nämlich Berührung mit Haut und Augen vermeiden und nicht mit Lebens- und Futtermitteln lagern.
Chlorthalonil ist in der MAK*-Liste 3 B (Stoffe mit begründetem Verdacht auf krebserzeugendes Potential) sowie als allergisierender Stoff (Sensibilisierung der Haut) aufgeführt.

*seit Januar 2005 wird statt dem MAK (Maximale Arbeitsplatzkonzentration) der AGW (Arbeitsplatzgrenzwert) zur Beurteilung herangezogen. Existiert jedoch kein AGW zur Beurteilung, wird der MAK-Wert der DFG herangezogen)